Lorsque la SNCF commande, à la fin des années 80, les voitures express à deux niveaux (V2N), elle prévoit d'assurer leur traction et pousse par des BB 26000 neuves. Or, ces machines, puissantes et couteuses, sont en priorité à utiliser sur les trains lourds, alors que les BB 9200 et 16000, ayant à peine 30 ans, seraient très appropriées à cette utilisation.
Il est alors décidé de moderniser huit BB 9200, avec pose d'un automate gérant la circulation en réversibilité (protocole multiplexé et non analogique comme auparavant), recablâge et changement des pupitres de conduite par des modèles bien plus ergonomiques. Seules quatre machines seront effectivement modifiées.
Durant toute leur carrière, les BB 9700 ont été utilisées avec des rames V2N entre Paris-Lyon et Laroche ou Sens. Vu leur fiabilité aléatoire, elles étaient assez fréquemment remplacées par des engins d'autres séries (9200, 7200, 22200, 26000). A partir de 1999, elles sont affectés à l'activité TER Bourgogne (indice 5).
En 2003, suite à la fermeture de Paris Sud Ouest, elles ont été mutées au dépôt de Dijon sans que leur service ne soit changé. Ce petit lot arrivant en fin de vie, des BB 7200 ont été transformées à partir de 2006 avec réversibilité "MUX" convenant à la fois aux V2N et aux nouvelles voitures pilotes Corail B5uxh, permettant la radiation rapide des BB 9700, qui ont toutes été démolies.
Durant toute leur carrière, les BB 9700 ont arboré une livrée analogue à celle des BB 16100 : à base de gris béton, avec une bande orange en bas de caisse, et une toiture ainsi que les extrémités en gris foncé. Seul le marquage a évolué sur le tard, le logo "carmillon" de 2005 replaçant le logo "nouille" d'origine.
| Année | 1992 | 1993 |
| Transformations de BB 9200 | 3 | 1 |
| Parc total en fin d'année | 3 | 4 |
| Année | 2006 | 2007 |
| Réformes | 1 | 3 |
| Parc restant en fin d'année | 3 | 0 |