A l'origine, la ligne comportait 28 passages à niveaux (PN), soit un nombre très faible pour l'époque ; 21 d'entre eux possédaient des maisons de garde. Aujourd'hui, la plupart des maisons ont été démolies, et une bonne partie des passages à niveaux a été supprimée, les autres étant pour la plupart équipés de barrières automatiques :
| N° | Lieu | Bâtiments | Remarques | Localisation | |
| PN 1 | Miramas | Maison de garde transformée en habitation | passage à niveau supprimé | 43.579998, 5.006436 | |
| PN 2 | photos | Miramas | Maison de garde murée | passage à niveau situé en courbe ; potence de signaux à proximité ; | 43.581190, 5.006819 |
| PN 3 | photos | Le Paty | détruits | passage à niveau adjacent à l'ancienne gare du Paty ; a été remplacé par un pont | 43.556767, 4.965578 |
| PN 4 | photos | Istres | détruits | passage à niveau dépourvu de barrières | 43.544610, 4.956638 |
| PN 5 | photos | Istres | Maison de garde détruite avant 1976 | passage à niveau sur chemin rural | 43.531402, 4.968351 |
| PN 6 | photos | Istres | détruits | passage à niveau sur route assez fréquentée | 43.528593, 4.970947 |
| PN 7 | Istres | détruits | passage à niveau supprimé | 43.521677, 4.977546 | |
| PN 8 | photos | Istres | Maison de garde détruite vers 1983 | passage à niveau situé au Nord de la gare d'Istres, supprimé lors de l'électrification et remplacé par un passage souterrain | 43.515389, 4.980150 |
| PN 9 | photos | Istres | actuellement, non | Signal BAL à proximité | 43.508604, 4.977973 |
| PN 10 | photos | Istres | actuellement, non | passage à niveau situé au Nord de la gare de Rassuen | 43.499580, 4.974183 |
| PN 11 | photos | Istres | actuellement, non | Signaux et voie de garage à proximité | 43.493432, 4.970693 |
| PN 12 | photos | Nord de Lavalduc | Maison de garde, ajout d'un poste d'aiguillage en 1966 ; détruits vers 1975 | route de Fanfarigoule ; emplacement de la bifurcation initiale de Lavalduc (créée en 1966 et déplacée en 1973) | 43.486480, 4.960232 |
| PN 13 | photos | Plan d'Aren | Bâtiment voyageurs de la gare ? (démoli) | Ancien passage à niveau en gare de Plan d'Aren | 43.448823, 4.968318 |
| PN 14 | photos | Nord gare de Fos | Maison de garde démolie | Adjacent au faisceau marchandises de la tuilerie de Fos | 43.432869, 4.972617 |
| PN 15 | photos | Fos | Maison de garde démolie | Ancien passage à niveau adjacent à la gare de Fos, remplacé par un pont en 1988. | 43.428049,4.974617 |
| PN 16 | photos | Martigues | Maison de garde démolie au début des années 70 | Passage à niveau supprimé, desservait un chemin abandonné | 43.408391, 5.011503 |
| PN 17A | Caronte la Gafette | 43.403970, 5.021065 | |||
| PN 17B | Caronte la Gafette | 43.404536, 5.009853 | |||
| PN 17C | Caronte la Gafette | Local de service (existe encore) | 43.404754, 4.997058 | ||
| PN 17D | Caronte la Gafette | 43.410458, 5.019991 | |||
| PN 18A | Croix Sainte | 43.410474, 5.020014 | |||
| PN 18B | Croix Sainte | 43.406997, 5.027599 | |||
| PN 19 | photos | Ponteau | Bâtiment voyageurs de la gare ? (démoli) | Ancien passage à niveau adjacent à la gare de Ponteau St Pierre, supprimé à la fin des années 60 | 43.36524,5.028282 |
| PN 20 | photos | La Couronne | Maison de garde démolie en 1977-78 | Au Sud du tunnel de Cavallas, supprimé dans les années 60 ? | 43.345705, 5.036858 |
| PN 21 | photos | La Couronne | Maison de garde barrière (existe encore) | Passage à niveau supprimé, signal BAPR à proximité | 43.340761, 5.079035 |
| PN 22 | photos | Sausset | Maison de garde barrière (existe encore) | Signal BAPR à proximité | 43.333617, 5.124501 |
| PN 23 | photos | Sausset | Maison de garde démolie au milieu des années 90 | 43.333443, 5.129826 | |
| PN 24 | photos | Carry | Maison de garde démolie au début des années 80 (entre 1981 et 85) | 43.334465, 5.141105 |
| N° | Remarques | Localisation | ||
| PN 31 | Fos | passage à niveau sans caténaires construit en 1982 ? | photos | 43.419029, 4.813420 |
| PN 41 | Port St Louis | passage à niveau sans caténaires | photos | 43.392153, 4.813464 |